Av de 73 000 flyktningene som fremdeles befinner seg i leirer i Nepal, har 55 000 uttrykt ønske om å komme til et tredje land. Dette vil etter all sannsynlighet skje i løpet av de nærmeste årene.

Diskriminering
Til sammen flyktet 150 000 bhutanere fra terror og overgrep i hjemlandet på begynnelsen av 1990-tallet. Bilaterale forhandlinger mellom Nepal og Bhutan for å løse flyktningproblemet førte ikke frem. Ikke én eneste flyktning i leirene i Nepal har fått lov til å vende hjem. I Bhutan ble folk tvunget på flukt fordi myndighetene anså innflyttere fra Nepal, kalt lhotshampas, som en politisk og kulturell trussel. Regjeringen og kongen fryktet at de tradisjonelle buddhistinspirerte verdiene skulle gå tapt hvis lhotshampasene, som er hinduer og nepalskspråklige, fikk større makt. Fra midten av 1980-tallet innførte regjeringen i Bhutan diskriminerende lover, som ble fulgt opp av overgrep og arrestasjoner.

Etnisk rensing
Fra slutten av 1980- og begynnelsen av 1990-tallet ble det gjennomført forsøk på tvangsassimilering av etniske minoriteter, med metoder som i realiteten tvang mennesker på flukt i stor skala.
Ved konfiskering av eiendom, arrestasjoner, tortur og trusler gjennomførte myndighetene en politikk, som i løpet av 1993 hadde fordrevet en sjettedel av befolkningen. Nesten alle tilhørte lhotshampas-minoriteten, og de fleste flyktet via India til Nepal.

Bhutan er et grelt eksempel på hva som kan skje når staten så tydelig representerer én etnisk gruppe i et multi-etnisk samfunn. Dette skapte en følelse av angst og usikkerhet hos minoritetene fordi lover og regler stadig ble endret uten at de selv hadde demokratisk innflytelse. På mange måter var den etniske rensingen som fant sted, en usminket reaksjon mot modernisering og fremming av menneskerettighetene.
I 2008 holdt Bhutan sitt første demokratiske flerpartivalg, og landets første grunnlov ble vedtatt. Kun to partier, begge lojale overfor monarkiet, ble godkjent av valgkommisjonen.

Splittelse blant flyktningene
India, Bhutans nærmeste allierte, har holdt en beskyttende hånd over regjeringen i Thimphu.  Til tross for overgrepene, har det lille kongedømmet derfor i liten grad blitt utsatt for press fra det internasjonale samfunnet.
FN har vært holdt på sidelinjen når det gjelder å finne løsninger som også innebærer muligheter for å vende hjem. Dette var bakgrunnen for at USA og flere andre land i 2006 annonserte at de var villige til å ta i mot 85 000 flyktninger.

Gradvis nedtrapping av den humanitære assistansen fra FNs side har ført til stor frustrasjon i leirene i Nepal. I 2007 kom det til sammenstøt mellom flyktningene og lokalbefolkningen, og mellom ulike grupper blant flyktningene selv. I hovedsak har splittelsen gått mellom de som ønsket å bli gjenbosatt i et tredje land og de som insisterte på sin rett til å reise tilbake til Bhutan.